নতুন জাতীয় বেতন কাঠামো অনুযায়ী সরকারি কর্মচারীদের বেতন কার্যকর করার প্রস্তুতি চললেও এমপিওভুক্ত শিক্ষক-কর্মচারীদের বেতন পেতে কিছুটা দেরি হতে পারে। বেতন নির্ধারণ ও হিসাব প্রস্তুতের পদ্ধতিগত পার্থক্যের কারণে এ জটিলতা তৈরি হয়েছে বলে জানিয়েছে অর্থ বিভাগ। অর্থ বিভাগের সংশ্লিষ্ট কর্মকর্তাদের ভাষ্য অনুযায়ী, এমপিওভুক্ত মাদ্রাসার শিক্ষক-কর্মচারীদের বেতন হিসাব এখনো ম্যানুয়াল পদ্ধতিতে সম্পন্ন হয়। অন্যদিকে স্কুল-কলেজ এবং কারিগরি শিক্ষাপ্রতিষ্ঠানের বেতনসংক্রান্ত কাজ কম্পিউটারভিত্তিক ব্যবস্থায় পরিচালিত হয়। এই পার্থক্যের কারণে নতুন বেতন কাঠামো বাস্তবায়নের সময় সমন্বয় করতে হচ্ছে।
 কর্মকর্তারা জানিয়েছেন, নভেম্বর বা ডিসেম্বরের মধ্যে বেতন দেওয়ার চেষ্টা চলছে। তবে নির্দিষ্ট সময়ের মধ্যে তা সম্ভব হবে কি না, সে বিষয়ে এখনই নিশ্চিত করে কিছু বলা যাচ্ছে না। শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের অধীন বিভিন্ন শ্রেণির শিক্ষক-কর্মচারীকে আলাদাভাবে নতুন বেতন দেওয়া সম্ভব নয় বলেও সংশ্লিষ্ট সূত্র জানিয়েছে। তাই সমন্বিতভাবে বেতন কার্যকরের বিষয়টি বিবেচনা করা হচ্ছে। এর আগে গত ১ সেপ্টেম্বর শিক্ষামন্ত্রী ডা. আ ন ম এহছানুল হক মিলন তাঁর ভেরিফায়েড ফেসবুক পেজে দেওয়া এক পোস্টে জানিয়েছিলেন, এমপিওভুক্ত শিক্ষক-কর্মচারীরাও নতুন বেতন কাঠামোর আওতায় আসবেন।
এরপর থেকেই নতুন পে স্কেলে তাঁদের বেতন কার্যকর হওয়ার সময় নিয়ে আলোচনা চলছে। দেশে বর্তমানে ছয় লাখের বেশি এমপিওভুক্ত শিক্ষক-কর্মচারী রয়েছেন। এর মধ্যে মাধ্যমিক ও উচ্চশিক্ষা অধিদপ্তরের অধীনে প্রায় চার লাখ, মাদ্রাসা শিক্ষা অধিদপ্তরের অধীনে প্রায় এক লাখ ৭৫ হাজার এবং কারিগরি শিক্ষা অধিদপ্তরের অধীনে ২৩ হাজারের বেশি শিক্ষক-কর্মচারী রয়েছেন। এমপিওভুক্ত শিক্ষাপ্রতিষ্ঠানগুলোর শিক্ষক-কর্মচারীদের মূল বেতনের একটি অংশ সরকার বহন করে। 
কিছু প্রতিষ্ঠানের নিজস্ব আয় থাকায় তারা সরকারি অংশের বাইরে অতিরিক্ত সুবিধা দিতে পারে। তবে অধিকাংশ প্রতিষ্ঠানের সে ধরনের আর্থিক সক্ষমতা নেই। নতুন বেতন কাঠামো কার্যকরের অপেক্ষায় থাকা শিক্ষক-কর্মচারীরা দ্রুত বেতন নির্ধারণ ও অর্থ ছাড়ের দাবি জানিয়েছেন। তাঁদের মতে, বেতন হিসাবের জটিলতা দ্রুত সমাধান করে ঘোষিত কাঠামো বাস্তবায়নের বিষয়ে স্পষ্ট সময়সূচি জানানো প্রয়োজন।